加密軟件“系統構架”有C/S/C網絡和離散兩種。前者是將各個涉密計算機與系統服務器、控制臺都部署在局域網中，確保它們之間的通信是經過網絡加密傳輸的。后者的涉密機與密鑰管理計算機在網絡上不要求連通，因此密鑰管理計算機也就不能稱為服務器（通常稱“管理機”）；涉密機與管理機不通信，但在安裝時以人工抄號的方式來保證密鑰同步。前者的優勢是：①涉密機與密鑰管理機（即服務器）的通信是實時的、自動的、秘密的，方便了安裝也更加穩定、安全；②可以支持各涉密機采用不同的保密策略，并隨時更新，靈活而不僵化。后者的優勢是對于便攜式涉密機的管理可以自然實現。通常而言，第一代的加密系統都采用離散的構架。

EDS采用網絡架構對客戶端進行實時管理。其結構圖如下：

EDS提供備用服務器功能，當主服務器發生故障時，客戶端可自動切換到備用服務器。保證加密環境不會由于服務器原因造成工作影響。

EDS控制策略的連線方式也提供了靈活的連線控制功能。一般內網客戶端設置“僅啟動時訪問服務器”即可。那么客戶端只需要在啟動時連接一次服務器，取到策略后，即使服務器發生崩潰對客戶端的應用也不會有影響。既減輕網絡和服務器的負擔，又減少對服務器的依賴性。當網絡狀況確實難以保障時，還可設置為“脫機使用”方式，即使客戶端在一定時內連接不到服務器也可正常使用。