EDS初裝后，若需要對原涉密文件進行加密，可通過EDS掃描加密功能達到目的。

若由于某種原因，涉密機器要轉成非涉密機使用，可通過EDS掃描解密功能將所有加密過的文件進行解密。EDS還提供掃描解密涉密類型之外的密文功能，以清除過度加密的文件。

EDS掃描功能可通過三種方式實現。分別是：

1. 通過服務端用戶管理里設置掃描任務；

2. 通過工具掃描加密；

3. 通過客戶端掃描工具掃描加密；

服務端掃描功能可一次對多個用戶執行。