EDS密鑰管理的思路是，密鑰對使用者是完全不可知的，密鑰只在內存中出現，不保存在硬件任何地方，以防止密鑰丟失。

EDS客戶端加解密密鑰由注冊信息決定。在注冊時，用戶可設置自定義密鑰，最終密鑰由注冊和客戶自定義兩部分共同組成，可防止開發商獨立掌握密鑰存在安全威脅。若客戶自定義密鑰，即使開發商都無法解密客戶生成的密文。

密鑰在傳輸過程中采用AES算法加密，這是一種銀行系統都采用的加密算法，可確保傳輸過程的安全性

EDS密文加密算法采用的是對稱加密算法，有多種加密算法可選擇（對用戶不透明），包括IDEA、TEA、DES、BLOWFISH、DES3L五種加密算法。當然，若也可以根據用戶需要集成其它專用的對稱加密算法。

EDS采用的對稱加密算法，比一般的流加密算法有更高的安全性。所用對稱算法，理論上一般計算機必須經過上百年的破解計算才能找到密鑰，對一般商業用戶而言，強度已經足夠。